在近未来的世界中，日本政府在东京沿岸设立了一个特别管制区，表面是做为经济特区的实验都市，但其实暗地在特区一所国际学校中，培养一批名为"UNDER THE DOG （败犬）"的特殊暗杀部队。总共有七名被称为"Flowers"的少男少女，他们各自拥有著常人所无法想像的特殊能力。替政府到世界各地执行暗杀的UNDER THE DOG，并没有作战以外的选项，只要队员想要逃走或自杀，军方就会引爆设置在他们亲友头部的超小型炸弹，这群年轻人将抹杀掉所
在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 r “你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤” r 这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是…… r 就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走（因为手上有炸弹而受到威胁，并非抓走）成为了人质
