TOKYO JUPITER MU的自治领域，以东京羽田空港为直径150km的半圆形空间，由外部看类似木星而闻名，内部2300万人的人们皆误以为外部的世界灭亡而生活著，内部比外界时间流动慢6倍，由拥有蓝色血的人类MU密切支配著。 西历2017年东京上空突然出现谜之侵入者，其目的一切不明，之后人类与称之为MU的敌人的超兵器战斗，世界各国的军队均遭到严重的打击，然而在TOKYO JUPITER形成后地球联军与敌方形成胶著状态，直到2027年现在MU的潜在危险仍存在著，地球也持续对抗。.....
打倒了敌人“汞合金”的九龙、盖茨等强敌，恢复了以往和平日常的“阵代高中”。但，这样的日子并未延续多久……。持续失态的“汞合金”开始正式向相良宗介等人发动袭击。世界各地的“秘银”基地遭到强袭！泰莎率领的Tuatha de Danaan所容身的“美利达岛”也遭到大量导弹、强袭机兵的攻击。另一方面，魔手也正在逼近日本的宗介与要！！宗介、要、泰莎等人，再度面临试炼！！！
