故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
《Candy☆Boy》是由ANIME INTERNATIONAL COMPANY于2007年11月22日出版的原创网络动画。该网络短片在NICONICO动画网络影像服务和Cho!animelo影音网站发行。在2007年12月5日，Candy☆Boy随韩国艺人Meilin的Candy☆Boy DVD光碟限量发行。
TOKYO JUPITER MU的自治领域，以东京羽田空港为直径150km的半圆形空间，由外部看类似木星而闻名，内部2300万人的人们皆误以为外部的世界灭亡而生活著，内部比外界时间流动慢6倍，由拥有蓝色血的人类MU密切支配著。 西历2017年东京上空突然出现谜之侵入者，其目的一切不明，之后人类与称之为MU的敌人的超兵器战斗，世界各国的军队均遭到严重的打击，然而在TOKYO JUPITER形成后地球联军与敌方形成胶著状态，直到2027年现在MU的潜在危险仍存在著，地球也持续对抗。.....
