人称日本警察之救世主的高中生侦探工藤新一在与青梅竹马毛利兰去游乐园游玩时，不经意中发现了行踪可疑的黑衣aaa。于是工藤新一尾随跟踪，并目睹了黑衣人正在进行可疑交易。不料，却被另一名黑衣人在背后击晕，被强行灌下一种名为APTX-4869的毒药，致使身体变小。为了在不暴露真实身份并继续追踪黑衣人及其成员，情急之下，工藤新一受到《福尔摩斯》的作者“阿瑟·柯南·道尔”和“江户川乱步”名字的启发，改名为“江户川柯南”，并寄住在毛利兰的家中。作为侦探，柯南实在看不下去毛利小五郎经常做的一些“发育不良”的错误推理，便帮助毛利小五郎破了许多案子。